La seva obra es pot dividir en tres períodes:

 

Un període formatiu que s'estén fins al 1802

Un període mitjà des de 1803 a 1814

Un període madur de 1814 fins a 1827

​

​

Generalment, cada període mostra evolucions estilístiques característiques dins el llenguatge musical que van associats a problemes vitals en la vida personal del compositor.

​

​

• Període formatiu: sotmetiment a les formes clàssiques. Fins al 1800, les seves obres no es distingeixen, formalment, de les de Haydn i de Mozart, però tenen trets originals molt característics; les obres més destacables són les primeres sonates per a piano, els dos primers concerts per a piano i orquestra, la primera simfonia, els quartets opus 18, i el cèlebre Septet opus 20. Cap a la fi d'aquesta època se li manifestà la sordesa, que acabà esdevenint total.

• Període mitjà: continguts expressius densos i canvis bruscos de tonalitat.Reformà l'estructura clàssica de la simfonia, substituint el minuet per un scherzo que permetia una major llibertat en la composició. És el moment de les simfonies tercera a la vuitena, del seu Concert per a violí, dels tres darrers per a piano i orquestra, dels tres quartets Rassumovski, opus 59, i de l'òpera Fidelio. D'aquesta època, són també algunes de les seves sonates més famoses: l'Appassionata, opus 57, per a piano, i la Sonata a Kreutzer, opus 47, per a violí i piano.

• Període madur: absoluta llibertat melòdica i formal.  Creà les darreres sonates per a piano, com l'Hammerklavier, opus 106, els últims quartets, la Gran Fuga per a corda, opus 133, la Missa Solemnis en re major i la Novena Simfonia, en l'últim moviment de la qual introdueix, per primer cop, la veu humana (amb text de Schiller). La seva influència sobre generacions venidores fou inesborrable, car promogué la transformació de la música occidental, de la qual és, potser, el compositor més representatiu.

 

També va compondre nombrosos lieder, amb textos de diversos autors, com Goethe i Schiller, als quals va conèixer personalment.